คริสตจักรเริ่มมาจากครอบครัวชาวเกาหลีที่รักพระเจ้า เข้ามาเปิดโรงงานเฟอร์นิเจอร์ไม้ส่งออก โดยมีความตั้งใจอยากให้พนักงานรู้จักพระเยซูคริสต์ จึงได้เปิดคริสตจักรในโรงงานให้มีการนมัสการพระเจ้าในรูปแบบของโรงงานโดยมีมิชชันนารี ศจ.ดร.สว่าง จัง และผู้รับใช้คนไทย อ.โยธิน แก้วสว่าง เป็นผู้รับผิดชอบ ในช่วงแรกคนภายนอกเข้าก็ลำบาก (เพราะอยู่ในโรงงาน) มีพนักงานเข้าร่วมนมัสการในวันอาทิตย์ประมาณ 50-70 คนเป็นประจำ ต่อมาในช่วงภาวะเศรษฐกิจฟองสบู่ ทำให้โรงงานต้องย้ายฐานไปเปิดที่ในต่างประเทศ โดยที่ประเทศไทยต้องปิดตัวลง (โรงงานปิด คริสตจักรเปิด) เป็นโอกาสที่คริสตจักรได้เปิดออกสู่สังคมภายนอก (คนทั่วไปได้เข้าคริสตจักร) คริสตจักรสัมพันธ์เปนีเอลจึงมีพิธีถวายอาคารเปิดอย่างเป็นทางการในเดือนกรกฏาคม ปี 2004 เป็นต้นมา โดยทำตามพระมหาบัญชาของพระเยซูคริสต์ ออกไปประกาศ สั่งสอน สร้างสาวก ถวายตัวรับใช้ "ยาโคบจึงเรียกสถานที่นั้นว่า เปนีเอล กล่าวว่า เพราะข้าพเจ้าได้เห็นพระพักตร์พระเจ้า แล้วยังมีชีวิตอยู่"
